Il chiostro, annesso al Santuario, era parte di un complesso monastico francescano e rappresenta uno dei pochi esempi di architettura monastica ancora esistente nel veronese. Incomprensibilmente ignorato dalla storiografia artistica locale, si presenta come un insospettato gioiello storico-artistico. Le quarantacinque lunette che si sviluppano nel sottoportico in corrispondenza degli archi, sono affrescate e raccontano “la vita e i miracoli di San Francesco”. Autori degli affreschi sono Bernardino Muttoni il Vecchio e il Figlio.